一期放送時、皆城鞘の同化と乙姫の誕生は以下のように設定されていた。
乙姫／皆城公蔵と鞘の子供である。
ファフナー開発中における瀬戸内海ミールの再暴走により、研究施設内にて鞘が受胎16週目で襲われ、助けられるが半同化状態に陥る。同化の進行速度が速く、鞘の最後の希望により、胎児である乙姫が取り出され、人工子宮に移される。（※1）
しかし、『EXODUS』3話で皆城鞘の同化と乙姫の誕生が映像化されたが、設定とは少し違う描写がされていた。
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蒼穹のファフナー EXODUS 第26話-32「”あなた”から”みんな”へ Part2」
竜宮島は長年、外の世界から隔離され、鎖国状態にあった。しかし、一旦、フェストゥムとの戦いが始まると、竜宮島にはフェストゥムだけでなく、人間も訪れるようになった。さらに竜宮島を新たな故郷にする者さえ現れるようになった。