コミカライズの『月刊少年シリウス』での連載は2018年4月号で終了。
　最後のページに連載媒体移動のお知らせが掲載されていました。
　広告ページのテキストを転載します。

　『蒼穹のファフナー』はpixiv×講談社でつくる新しい漫画アプリ移籍します。
　サービス開始にあわせ、連載第1話から毎週無料配信！
　新アプリに関する詳しい内容はシリウス公式ツイッターなどで発表される情報をご覧ください。

　いまのところ、シリウスの公式ツイッターや公式サイトには、アプリに関する情報は発表されていません。

　あと、amazonには単行本7巻の予約ページができていて、4月9日発売となっていますが、雑誌には告知は出ていません。

　『月刊少年シリウス』2018年2月号と3月号はアニメ通りの展開で大きな変更点はなかったのですが、4月号では多くの変更点がありました。

　一期第12話で剣司、衛、咲良は戦闘後、罰として部屋に閉じ込められたが、コミカライズでは『EXODUS』の時と同じように3人は男女別に医務室へ運ばれ、咲良の部屋に剣司と衛がやってくるという形に変更。それに伴い、総士の「独断で行動しようとした罰だ。そこで頭を冷やせ」という台詞はカット。

　会議室で真壁司令と総士が話した後、総士と真矢がアルヴィスの廊下で話しているが、コミカライズではひとり山での山頂の会話となり、内容も第11話ラストでの総士と真矢会話に第12話での総士と真矢が続く形に変更されている。それに伴い、台詞も追加されているので、アニメよりも真矢の気持ちがわかるようになっている。