『蒼穹のファフナー』はマルチエンディング・ゲームと同じ構造になっているため、物語のエンディングが複数あるという作りになっています。
●真矢ルート
一騎は『EXODUS』24話で島の祝福を受けた後、人々を導く側になったため、『THE BEYOND』では真矢が『蒼穹のファフナー』という物語全体の主人公になりました。そして、物語の主人公になった真矢には二つのエンディングがありました。
A
一騎「遠見、一緒に来るか」
真矢「私じゃ一騎君のいる場所には行けないから、
ここで帰る場所を守ってるね。
たまには帰ってきてね、竜宮島に」
一騎「約束するよ」
『THE BEYOND』12話
B
一騎「それとやっぱりここは遠見に小さいんだと思う。
俺はここにいるから遠見も遠見でいられるものを見つけて、
その話を聞かせてほしい」
『BEHIND THE LINE』
『蒼穹のファフナー』は登場人物が選び続ける物語でしたが、『蒼穹のファフナー』は視聴者に物語のエンディングを選ばせたのです。「あなたはどちらのエンディングを選びますか?」と。
●一騎ルート
『EXODUS』までの主人公である一騎は以下のエンディングでした。
史彦「お前は、どこかへ行くのか」
一騎「甲洋と一緒に世界を見てくる」
『THE BEYOND』12話
一騎ルートのエンディングはトゥルーエンド、つまり物語の謎を解き明かした時にたどり着くエンディングです。
私は『蒼穹のファフナー』を見る前に一騎ルートに至る分岐点を通過していたので、一騎ルートのエンディングを見た後、真矢ルートのエンディングを見たため、制作者が設定したものとは逆の順番でエンディングを見たことになります。